W ANBU Root Przywódca tworzy grupy, które mają za zadanie eliminację nukeninów. W przeciwieństwie do ANBU Kiri w ANBU Root shinobi nie mają wyznaczonych missing-ninów do eliminacji, tylko atakują jakiegokolwiek z nukeninów. Grupy te to zwykle kilkuosobowe odziały(do trzech osób), atakujące niepożądanych shinobi.
UWAGA! W wypadku gdy nukenina atakują 3 osoby może on poprosić jedną osobę o pomoc w walce z agresorami.
Każdy, kto atakował missing-nina(o ile wygrał) otrzymuje wynagrodzenie, pokazane na tabeli niżej. Oczywiście każdy członek ANBU Root otrzymuje ryo, ale podzielone przez ilość ninja atakuących danego nukenina. Wygląda to następująco:

Spoiler:

Missing-nin rangi D(Genin) - 150 000(stopięćdziesiąt tysięcy) ryo.
Missing-nin rangi C(Chuunin) - 500 000(pięcset tysięcy) ryo.
Missing-nin rangi B(Jounin) - 1 000 000(milion) ryo.
Missing-nin rangi A(Sannin) - 5 000 000(pięciu milionów) ryo.
Missing-nin rangi S(Sage lub Legendarny Sannin) - 10 000 000(dziesięci milionów) ryo.

UWAGA!
Za członka 7 Mistrzów Miecza każdy shinobi otrzymuje premię w wysokości 1 000 000(miliona) ryo.
Za członka TAKA każdy shinobi otrzymuje premię w wysokości 2 000 000(dwóch milionów) ryo.
Za członka Akatsuki każdy shinobi otrzymuje premię w wysokości 5 000 000(pięciu milionów) ryo.

UWAGA! Jedna drużyna może atakować raz w tygodniu. Jeden missing-nin może być atakakowany raz w tygodniu.